Sabitzer bắt đầu chơi bóng từ năm 2000 cho đội trẻ của ESV Admira Villach và sau này lần lượt là đội trẻ Grazer AK và SC Magna Wiener Neustadt.

Admira Wacker Mödling

Đến mùa bóng 2009-10, Sabitzer là thành viên của cả hai đội trẻ U-17 và U-19 của Admira Wacker Mödling. Sau khi ghi 13 bàn trong 14 trận cho các đội trẻ này, anh được đôn lên đội hai của Admira Wacker Mödling. Chỉ một thời gian ngắn sau sinh nhật lần thứ 16 ngày 26 tháng 3 năm 2010, anh được huấn luyện viên Dietmar Kühbauer cho ra sân tại giải Regionalliga Ost.

Ngày 14 tháng 9 năm 2010, Sabitzer được chơi trận đấu chuyên nghiệp đầu tiên khi Kühbauer, giờ đây đã trở thành huấn luyện viên đội một Admira Wacker Mödling, quyết định trọng dụng anh. Anh có bàn thắng đầu tiên trong sự nghiệp thi đấu chuyên nghiệp trong trận thắng 3-0 trước FC Lustenau 07. Anh đã ghi được 2 bàn thắng trong 8 lần ra sân tại giải Bundesliga Áo mùa 2010–11.[2]

Rapid Wien

Tháng 1 năm 2013, anh ký hợp đồng thi đấu cho Rapid Wien đến tháng 6 năm 2014.

RB Leipzig

Cho mượn đến Red Bull Salzburg

Ngày 30 tháng 5 năm 2014, anh ký hợp đồng 4 năm với RB Leipzig và được cho Red Bull Salzburg mượn một mùa giải.[3] Tại đây, anh ghi được 27 bàn thắng sau 51 lần ra sân trên mọi đấu trường. Vào ngày 1 tháng 4 năm 2016, Sabitzer được Leipzig gia hạn hợp đồng đến năm 2021.[4]

Trở lại RB Leipzig

Sabitzer trở lại RB Leipzig trong mùa giải 2015–16 và trở thành nhân tố quan trọng với 8 bàn thắng và 5 pha kiến tạo sau 32 trận giúp câu lạc bộ thăng hạng Bundesliga với thành tích đứng thứ nhì tại 2. Bundesliga.[5]

2016-17

Ngày 28 tháng 8 năm 2016, anh có lần đầu ra sân tại Bundesliga trong trận hòa 2-2 với TSG 1899 Hoffenheim và đã có pha lập công gỡ hòa 2-2 cho Leipzig ở phút 90 của trận đấu.[6] Ngày 29 tháng 10, anh vào sân ở phút 51 thay cho Yussuf Poulsen và lập cú đúp giúp Leipzig đánh bại SV Darmstadt 98 2-0, duy trì chuỗi trận bất bại từ đầu mùa của Leipzig.[7] Chiến thắng 4-1 trên sân SC Freiburg trong đó có một bàn thắng của Sabitzer giúp Leipzig dù mới lên hạng tiếp tục ngự trị trên đỉnh Bundesliga.[8]

Ngày 28 tháng 1 năm 2017, anh ghi bàn ấn định chiến thắng 2-1 trước Hoffenheim, chấm dứt chuỗi trận bất bại từ đầu mùa của đối thủ.[9] Ngày 5 tháng 4, anh mở tỉ số trong chiến thắng 3-2 trước Mainz để củng cố vị trí nhì bảng Bundesliga của Leipzig.[10] Ngày 13 tháng 5, anh là người mở màn cho bữa tiệc 9 bàn thắng tại Red Bull Arena với thắng lợi sau cùng 5-4 thuộc về Bayern München, đội cũng đã vô địch Bundesliga trước đó.[11] Anh tiếp tục lập công trong trận đấu vòng cuối cùng một tuần sau đó hòa Eintracht Frankfurt 2-2.

2019-20

Ngày 11 tháng 8 năm 2019, Sabitzer lập cú đúp ngay trận mở màn mùa giải mới đánh bại đội bóng VfL Osnabrück tại vòng hai Cúp bóng đá Đức. Đây cũng là trận đấu ra mắt của tân huấn luyện viên Julian Nagelsmann.[12]

Ngày 10 tháng 3 năm 2020, Sabitzer ghi hai bàn trong chiến thắng 3–0 trước Tottenham Hotspur ở vòng 16 đội Champions League. Leipzig giành chiến thắng chung cuộc 4–0 và có lần đầu tiên trong lịch sử câu lạc bộ đặt chân vào tứ kết giải đấu danh giá nhất châu Âu.[13]

2020-21

Trước thềm mùa giải mới 2020/21, Sabitzer được bầu là thủ quân của Leipzig thay thế trung vệ Willi Orbán.[14]

Ngày 21 tháng 2 năm 2021, Sabitzer ghi bàn từ một cú sút xa mở màn cho chiến thắng 3-0 trước Hertha Berlin để rút ngắn khoảng cách điểm số tại Bundesliga với Bayern München còn 2 điểm.[15] Ngày 19 tháng 3, anh ghi bàn thắng duy nhất trong trận đấu với Arminia Bielefeld.[16]

Bayern Munich

Vào ngày 30 tháng 8 năm 2021, trang chủ của câu lạc bộ Bayern Munich đã đưa ra thông báo chính thức về việc chiêu mộ thành công Marcel Sabitzer từ RB Leipzig với mức phí 16 triệu Euro. Sabitzer sẽ khoác áo Bayern Munich theo bản hợp đồng có thời hạn 4 năm.